Распределение предоплаты по этапам договора на выполнение строительно-монтажных работ: НДС у заказчика и подрядчика

Иногда договоры подряда на выполнение строительно-монтажных работ (СМР) предусматривают распределение аванса, внесенного заказчиком-инвестором (далее — заказчик), по этапам. Например, в договоре прописано, что весь комплекс работ стоимостью 1 млн руб. (включая НДС), выполняется в пять этапов. Стоимость каждого этапа — 200 тыс. руб. Заказчик вносит аванс в размере 250 тыс. руб., который распределяется в равных долях по всем пяти этапам. В счет стоимости каждого этапа выполненных работ из аванса засчитывается 50 тыс. руб. По окончании каждого этапа заказчик должен доплатить подрядчику 150 тыс. руб.
И у заказчика, и у подрядчика возникают вопросы по поводу НДС с аванса. Может ли заказчик восстанавливать налог поэтапно или обязан восстановить его на первых этапах полностью? Имеет ли подрядчик право принять НДС к вычету в полной сумме, указанной в отгрузочном счете-фактуре, выписанном по итогам первого этапа, или только в части, приходящейся на аванс, по окончании каждого этапа?
Аналогичные условия распределения аванса по этапам встречаются и в других договорах, например, поставки, аренды. Соответственно, и перед участниками этих договоров стоят те же вопросы. Попробуем ответить на эти вопросы на примере договора подряда на выполнение СМР.
Восстановление НДС у заказчика
Заказчик, перечисливший подрядчику аванс в счет предстоящих работ, вправе принять к вычету суммы НДС, предъявленные подрядчиком. Вычет производится на основании счетов-фактур, выставленных подрядчиком при получении аванса, и документов, подтверждающих фактическое перечисление аванса в счет предстоящих работ, при наличии договора, который предусматривает уплату аванса (п. 12 ст. 171, п. 9 ст. 172 НК РФ). После принятия этапа работ и получения отгрузочного счета-фактуры заказчик имеет право на вычет указанного в нем налога. Также у него возникает обязанность восстановить НДС с аванса, ранее принятый к вычету (п. 1 ст. 172, подп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ).
Однако в Налоговом кодексе РФ не сказано, в какой сумме нужно восстанавливать НДС, если аванс распределяется по этапам работ. Существует две позиции: ?
НДС восстанавливается только в части аванса, которая зачтена в счет оплаты отдельного этапа; ?
НДС восстанавливается в сумме, указанной в счете-фактуре на выполненные работы.

Подробности — в №6/2013 журнала «Налоговая политика и практика»