Нужно ли выдавать чек при отгрузке товара, если оплата производится позже?

ККТ не применяется при безналичных расчетах между организациями и (или) индивидуальными предпринимателями. Исключение — расчеты с помощью электронного средства платежа с его предъявлением (п. 9 ст. 2 Закона № 54-ФЗ). 
Зачет предоплаты, авансов, предоставление займов для оплаты товаров (работ, услуг) между ИП и ООО не подразумевает оплату наличными или оплату с предъявлением электронного средства платежа. Поэтому применение ККТ при таких расчетах также не требуется (письмо ФНС России от 21.08.2019 № АС4-20/16571@). 
Таким образом, организации не нужно формировать кассовый чек в момент отгрузки товара. Это не зависит от того, каким способом позднее будет проведен расчет за него — наличными деньгами (с оформлением кассового чека) или в безналичном порядке.
На вопросы о применении контрольно-кассовой техники ответил начальник организационно-методологического отдела Управления оперативного контроля ФНС России Алексей Батарин, журнал “Налоговая политика и практика” №6/2020.