НДФЛ перечисляется в бюджет один раз при окончательном расчете сотрудника по итогам месяца

В соответствии с п. 6 ст. 226 НК РФ налоговые агенты обязаны перечислять НДФЛ не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по поручению на счета третьих лиц в банках.
Таким образом, исчисление, удержание и перечисление в бюджет НДФЛ с заработной платы осуществляется один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца в сроки, установленные п. 6 ст. 226 НК РФ.
Анализ норм статей 24 и 226 НК РФ позволяет сделать вывод о том, что обязанность по перечислению в бюджет НДФЛ возникает у налогового агента только после фактического удержания его из средств, выплачиваемых налогоплательщику. (Постановление Федерального арбитражного суда Центрального округа от 14.01.2010 по делу № А48-38/2009).
Учитывая изложенное, по мнению ФНС России (письмо от 25.07.2014 № БС-4-11/14507@), ежемесячное перечисление в бюджет в авансовом порядке суммы до удержания из доходов физических лиц НДФЛ не является налогом.
В случае перечисления в бюджет сумм до выплаты дохода физическому лицу и до удержания налога налоговый агент вправе обратиться в налоговый орган с заявлением о возврате на расчетный счет организации суммы, не являющейся НДФЛ.